（一）生物安全櫃的選擇
主要根據下列所需保護類型選擇適當的生物安全櫃：
①保護實驗對象；
②操作危害程度一到四類的病原微生物時的個體防護；
③暴露於放射性核素和揮發性有毒化學品時的個體防護；
④上述各種防護的不同組合。
操作揮發性或有毒化學品時，不應使用將空氣重新循環排人房間的生物安全櫃。Ⅱ級B1型和Ⅱ級A2型（外接管道）安全櫃可用於操作少量揮發性化學品和放射性核素。Ⅱ級B2型安全櫃也稱為全排放型安全櫃，適用於操作大量放射性核素和大量揮發性有毒化學品。在提取核酸時，為避免交叉汙染宜選用此類全排放型安全櫃，以避免分子汙染。
（二）生物安全櫃的安裝
空氣通過前麵開口進入生物安全櫃的速度為0.38～0.5ml/s。如此速度的定向氣流極易受到幹擾，人員走近生物安全櫃所形成的氣流、送風係統調整以及開關門窗等都可能造成影響。因此，最為理想的是，將生物安全櫃安裝在遠離人員活動、物品流動以及可能擾亂氣流的部位。在安全櫃的後方以及每一個側麵應盡可能留有30cm左右的空間，以利於對安全櫃的清潔和維護：在安全櫃上麵應留有30～35cm的空間，以便準確測量空氣通過排風過濾器的速度和排風過濾器的更換。