對於大麵積、集中和同時使用或噪聲控製和振動控製嚴格清洗窒息，應使用集中淨化空調係統。相反，可以使用分散式空調係統。大型淨化車間還可以結合使用新風處理和分散式淨化空調裝置。當需要滿足潔淨室、正空氣量和排氣量的新風量時，空調係統應充分利用回風。隻有在加工過程中產生大量有害物質時，才能使用直流式空調係統，局部處理不能保證衛生要求或損壞其他過程。
潔淨室應在下列條件下單獨設置清潔空調係統：
1.層流潔淨室和湍流潔淨室
2.末端過濾器的不同潔淨室
3.潔淨室和一般空調房
4.運行班次或使用不同時間的潔淨室
5.當潔淨室麵積過大或房間過大時，應分為幾個淨化空調係統，方便調整、回風管布置和風量、壓力;
6.生產過程要求空調係統不能一起使用。
通常不建議為空調係統安裝消聲器。應采取其他綜合措施，以滿足潔淨室降噪的要求。當必須使用消聲器時，應使用由不產生灰塵且不易積聚的結構製成的消聲器和良好的吸音材料。
在潔淨室中安裝局部排氣係統應考慮以下幾點：
1.排氣係統不應穿過兩個清潔空調係統;
2.局部排氣係統應采取措施防止空氣回流。中間排放過濾器或止回閥可以安裝在排氣係統上。
3.局部排氣係統應采取降噪措施。設置消聲器時，應將其放在風扇的吸氣部分上。
4.應注意有害物質的排放，使其符合國家規定的排放標準。空調係統中的鼓風機、回風機和排風機應互鎖。聯鎖順序如下：當係統開啟時：首先打開鼓風機，然後將風扇和排風扇驅回：當係統關閉時：首先關閉排氣扇並返回風扇，然後關閉鼓風機。